一些證券公司財務部負責人坦陳，按照新的會計準則，那些有大量不良資產的券商以及受托理財規模很大的券商，影響將是立竿見影的。
《金融企業會計制度》并非新出臺，早在2002年1月1日起就在上市的金融企業實施，但券商一直按照1999年頒布的《證券公司會計制度》來執行。2003年，財政部發布了《金融企業會計制度-證券公司會計科目和會計報表（征求意見稿）》，同年6月3日，財政部發布《證券公司執行<金融企業會計制度>有關問題銜接的規定》，并在明年正式實施。其中增設固定資產減值準備、在建工程減值準備、無形資產減值準備、短期借款、預計負債、受托投資管理收益、資產減值損失等七個新的科目。
新的會計制度首先重新對資產進行了定義，由此引起券商多項資產核算方法的改變。新制度中，資產指過去的交易事項形成并由企業擁有或者控制的資源，該資源預期會給企業帶來經濟利益，當企業某項資產不能或者可能喪失為企業帶來經濟利益的能力時，新會計制度要求轉銷資產的賬面價值或者計提資產減值準備等。這顯然給券商帶來不小的壓力。眾所周知，券商的不良資產比例一直較高。證券公司按照現行的會計制度提取壞賬準備金，其中應收賬款壞賬準備金提取比例為千分之三，長期投資計提千分之一，都是固定的。對此，不少業內人士認為，新的準則雖然并不規定比例，但本著謹慎的職業判斷，對于應收賬款、實業投資等證券公司常見的不良資產，計提減值準備的比率需要提高。
追根溯源，券商的不良資產有幾大形成原因：一是經營過程中形成的不良債權；二是進行保底收益承諾的“委托理財”；三是營業部的不良資產；四是早年投資虧損的房地產。此外，在1997年以前，許多券商都曾參股上市公司，這些法人股難以變現，在公司經營困難時資產質量大幅下降，形成壞賬……這些早已存在的問題無疑將在新制度下暴露得更徹底。實際上，一些大券商對資產的重新估算并非沒有準備。這幾年，券商已經紛紛采取各種方式，剝離不良資產，盤活變現固定資產，包括成立專門的資產管理公司、成立“清賬團”追討清理欠款等。
一些老牌券商表示，“這些措施取得了一定的效果，清賬工作在這兩年加大力度后也起到了開源節流的效果。但由于一些不良資產的形成原因復雜，甚至有政府色彩，所以很多時候也是束手無策。”一些新成立的中小券商則表示，由于沒有歷史包袱，固定資產也就是營業場地和通訊設備等，新的計提影響比較小。不過，專家指出，由于資產減值準備等計提應采取追溯調整法，因此對券商往年收益影響將大于對2004年度損益的影響。“但總體而言，證券公司總的資產規模會大大縮水，甚至不少券商凈資產可能出現負數。”
新會計制度中受托投資管理業務的核算辦法也令眾多券商頭痛。現行的制度規定，受托資產管理業務是作為資產負債表的表內項目予以反映，同時在會計報表附注中說明。而新的制度將該業務轉變為報表補充資料披露，同時要求在報表附注中詳細披露其內容：包括受托投資管理業務收到的客戶委托資金，已進行投資的資金，尚未進行投資的仍在銀行存款賬戶中的資金存款和已轉到結算備付金存款賬戶的客戶結算備付金存款的期末數。這些明確的要求，顯然會使券商委托理財的真實情況顯露出來。據了解，申銀萬國、國泰君安等券商的委托理財的規模等在報表中有所體現，但有些券商則是賬外運行，報表上并不體現，因此可能掩蓋了本已嚴重的問題。此外，受托理財的計價辦法也將采用成本與市值孰低的原則，與自營一樣趨于嚴格。也就是說，不管市場情況如何，券商必須按股票市價與成本孰低原則來計提減值準備，有效避免券商利用會計規則掩蓋潛虧的現狀。
在多數券商看來，新會計準則將現存的問題明朗化了，借此機會摸清真實家底，并推進與國際接軌，都是必須做的事情，只是在實際操作中，各家有各家的難處。
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